La situazione in effetti sembra ingarbugliata.
Problema 1 - autoreset con ISP: l'esecuzione automatica di un reset impedisce il buon fine dell'operazione
Soluzioni 1: condensatore tra 3V3 e RST (mio test personale dopo lo sudio di Astro) oppure Optifix
Problema 2 - NON autoreset dopo caricamento di uno sketch con IDE 1.0 su chip con bl in stand-alone (quindi in questo caso il RESET dovrebbe esserci ma NON c'è)
Soluzione 2: diodo 1N4148 in parallelo alla R tra RST e 5V
Problema 3 - Lo scketch caricato con IDE0022 su micro in stand alone con optiboot funziona SOLO la prima volta, al primo RESET si blocca e non riparte mai più (quindi in realtà il reset sembra non c'entrare nulla)
Soluzione 3: sostituire l'optiboot con il bootloader della 2009. Le altre idee: diodo, optifix, ecc sono possibili prove per poter recuperare la ram che occupa inutilmente il veccio bootloader.
Sul diodo dovresti prima capire cosa ci fa sulla r3 di Arduino UNO, prima di dire se ti può aiutare o meno, Banzi l'ha messo, Testato dice chiaramente (se ho capito) che è l'unico modo per veder funzionare un micro in stand alone con optiboot dell1.0 e reset automatico dopo caricamento dello sketch.
