Ciao Salvo,
per vedere la compatibilità via software puoi fare una veloce prova.
Apri il tuo sketch nell'IDE, seleziona come scheda Arduino Leonardo e prova a compilare.
Se va a buon fine hai ottime possibilità che il tuo sketch giri sulla YUN poiche usa lo stesso micro (lato Arduino) della Leonardo.
In effetti sulla YUN i micro sono 2, il 32U4 e l'AR9331.
L'AR è quello che si occupa del WiFi, della Ethernet, della SD, e della USB (grande). La micro usb è invece collegata al 32U4.
Sulla YUN, quindi sull'AR dove gira linux (Linino per l'esattezza) puoi caricarci anche il php per creare siti dinamici caricabili da SD.
Purtroppo, e ci sono vari topic nel forum, non ho ancora capito il passaggio di valori tra Arduino e Web Browser su Linino.
Ma prima o poi approfondisco.