Und damit wären wir ja schon bei recht speziellen Platinen. Oder hast du vor, die Sub-D-Buchsen mit kurzen Kabelstücken an die Platine zu löten? 
Ich würde an deiner Stelle wirklich eine eigene Platine entwerfen und den Mikrocontroller per ISP "befüllen". Brauchst du auch die Kommunikation zum PC über die (virtuelle) serielle Schnittstelle? Wenn nicht, könnte man an dieser Stelle den Rotstift ansetzen, um die Kosten gering zu halten.
Darf man fragen, was das werden soll? Klingt ja insgesamt nach einem kommerziellen Projekt. Vielleicht ein HerrKohlerino? 