Con la varilla roscada no he tenido ningun problema, compre un metro y me la dieron muy recta, luego en el suelo la deje hasta que la corte el otro dia.
Todos esos agujeros que tienes y ranuras en el DM, ya venia asi, o se lo has hecho todo tu?
Mi idea para fijar las piezas a mecanizar es, en la superficie de trabajo ponerle unos casquillos con rosca por dentro, y luego mediante chapitas y el correspondiente tornillo, fijar en los puntos que sea preciso.
Saludos