Dann habe ich angefangen mit einem Scope mir die Signalpegel anzusehen. Bei beiden Boards sind die SCL/SDA Pegel ca 3.8V hoch und sehen auch ähnlich aus.
Wie sehen die denn aus? Kannst du ein Bild posten?
3.8V ist eigentlich zu hoch für den Due, dort sollten höchstens 3.3V anliegen. Wie sieht Deine Schaltung denn aus? Hast Du Pull-ups nach 5V? Bei einem 3.3V-Bus sollten die nach 3V3 gehen und nicht nach 5V.