Alarma de seguridad para Automóvil

Muy bien, veo que llevas avanzado el tema por lo que tratare de ayudarte en lo que pueda. Como te dije antes a eso me dedique mucho tiempo, en uno de mis vehículos instale una alarma con la cual cierra seguros ademas de una interfase que cierra los vidrios, otra para el arranque remoto.
tratare de aclarar tus inquietudes

Para lo que es cierre de vidrios automáticos habría que tener en cuenta que si es un sistema original al apagar el automóvil estos se quedan sin alimentación, por lo que habría que solucionar eso

No hay problema se hace un by.pass con relevadores alimentados independientemente del sistema original

aparte un sistema de seguridad para evitar que te aplaste la mano cuando se estén cerrando los vidrios por a o b motivo algún niño mete la mano

Esta parte ya la habia pensado incluso ya se usa en muchos vehiculos con sistema original y se me ocurre por el momento : 1.- utilizar sensores de corriente como el ACS712 o similar para detectar el momento que sube el consumo de corriente, asi en caso de que alguien meta la mano el vidrio se detiene y regresa un poco, algo mas sencillo es poner un reed-switch cerca del cable de alimentacion del motor (este enrollado para que genere un campo magnetico al subir la corriente y active el reed), para esto hay que usar un puente H para invertir el giro del motor. El final de carrera se puede detectar con un sensor de efecto hall

Para bloquear el arranque lo más común que se utiliza es un relay normalmente conectado, que al intentar encender el vehiculo desconecta la alimentacion de las bobinas que dan la chispa al motor.

Exactamente como lo indicas... esto no tiene mayor problema

Para el encendido remoto en mi caso no podría realizarlo debido a que mi vehiculo tiene un transponder en la llave que si no está puesto en el switch imposible prenderlo,

Esto tambien tiene una solucion mas sencilla de lo que te imaginas, pero tiene el inconveniente que le quita la seguridad que te brinda el transponder (el sistema de cierto modo ya no funcionaria)

ahora otra cosa es que deje de dar arranque una vez que el motor haya encendido,

Esto que dices se puede hacer de 2 maneras: 1.- al presionar el boton de arranque se activa la ignicion y el motor de arranque solo funciona mientras tengas oprimido el boton. 2.- al presionar el boton activas la ignicion y el motor de arranque trabaja un tiempo establecido(ejemplo 30 seg.), si antes de ese tiempo el motor enciende el arranque corta. Para saber cuando el motor encendio se pueden usar la señal del alternador, o se pueden medir las revoluciones, esta señal se puede tomar del distribuidor, de la bobina de ignicion, del sensor de cigüeñal (CKP) o del sensor de posicion de arbol (CMP) según sea el caso

para poder encender el carro de forma remota al ser manual habría que poner un sensor en el embrague para encenderlo, y el encendido remoto no me gusta mucho la idea ya que por a o b motivo dejas el carro en cambio y no en neutral puede ocurrir algún accidente.

Aquí tienes razon por eso es mas recomendable usarlo solo en vehículos automáticos, eso no quiere decir que no se pueda hacer un sistema seguro, solo es cuestión de hacer un sistema que detecte la posición de la palanca en neutro y ademas validar que este bien puesto el freno de estacionamiento

Otra cosa, veo que usas transistores para los interruptores de puertas y baul, creo que salen sobrando, solo es cuestión de conectarlos en modo pull-up ya que la mayoría de los vehículos trabajan con negativo.

Tengo que decirte que tengo un taller mecánico, por lo que se refiere a cualquier sistema del vehículo no tengo problema y por la información técnica o diagramas no vamos a sufrir, tengo bastante, asi que lo que se pueda ofrecer no dudes en preguntar.
Bueno me despido porque ya se hizo algo largo el post
Salu2