No problem.
Redundanz ist manchmal hilfreich und zielführend, vor allem, wenn sie aus 2 unabhängigen Quellen stammt 
Dennoch wird AccelStepper wahrscheinlich hier nicht die richtige Wahl, weil zu lahm sein mit einem 16MHz Prozessor und "gleichzeitigem" Ansteuern von 3 Motoren - da geht der Speed schön in den Keller.
Daher entweder mit deutlich schnellerem Prozessor oder zumindest mit GRBL (aber auch hier wird man mit 3 steppern an die Grenzen von 16MHz kommen). Oder auch GRBL mit Arduino Due (das wäre meine präferierte Lösung).