¿Y por qué no pasas de las pilas, al MC34063A y al pin de 5V del Arduino?
También ten en cuenta que cuanto más diferencia de voltaje haya entre al salida y entrada, menos intensidad podrás sacar.
Y las Lipos pueden sacar mucha intensidad pero están limitadas por el MC34063A, asi que no debería haber ningún problema.
Un saludo