Je m'auto réponds, bien qu'en fait ma réponse amène d'autres questions.
Le soft qui pourrais faire l'affaire sur le serveur de mon installation semble deja exister, ou du moins il en existe un qui pourrais peut etre faire l'affaire :
http://mango.serotoninsoftware.com
La chose communique en modbus, technologie éprouvée sur le RS485.
l'arduino servirait donc uniquement pour réaliser des esclaves indépendants gérant chacun un petit bout de l'installation (ainsi en cas de panne on ne perds qu'une partie de l'installation et non pas tout).