Usa un convertitore USB seriale esterno. Il pin su cui metti il DTR lo attacchi ad un interrupt (se proprio ti serve, oppure lo tieni monitorato), quando colleghi il convertitore al pc e apri la comunicazione il DTR va LOW e il gioco è fatto.
Senza resettare nulla ovviamente
EDIT: va low quando apri il monitor seriale di Arduino, non so come si comporta con in altri ambiti, parola agli esperti 