Il problema di sincronizzare il segnale con un potenziometro è il potenziometro stesso, e la precisione che ovviamente non è a questi livelli
Dipende da come si implementa il tutto, con Arduino leggi il valore del potenziometro e quando trovi il valore corretto lo "blocchi" in modo che non si sposta neanche se si gira il potenziometro
Potresti implementare alcuni accorgimenti per avere due o più modalità "fine" e "grossa" con diverse sensibilità per tarare meglio il tutto, alla fine il potenziometro in se non deve essere precisissimo, potresti addirittura fare senza potenziometro e variare in continuazione lentamente lo sfasamento, quando vedi bene vuol dire che hai trovare il sincronismo giusto e con un pulsante che leggi tramite Arduino lo "blocchi"
Ciao