Leonid : sembra che non gli crei molti problemi, ad arduino, anche a pilotare gli 8x8x8
senza parlare di realizzazioni decisamente piu fuori dal comune 
leo : a livello di ottimizzazione, secondo me', piu aumenti il numero di led, piu diventa conveniente usare gli shift/drivers, che hanno gia 16 uscite ognuno ... ad esempio, per un 5x5x5, ti bastano 5 transistor PNP con resistenze relative, 2 shift/driver e 2 resistenze ... con gli shiftregister ti servono 5 transistor PNP (e resistenze), 4 shiftregister e le 25 resistenze dei led ... con il multiplexing delle colonne ti servono 4 transistor PNP e 25 transistor NPN (con resistenze), piu le 25 resistenze delle colonne, o le 125 resistenze su ogni singolo led, se scegli quella soluzione per poter multiplexare "a blocchi" anziche' a singolo led .
inoltre, se multiplexando, ad esempio, ad 1 KHz, i led di ogni strato restano accesi ogni volta per circa 1ms, multiplexando i singoli led, ti rimarrebbero accesi per circa 40 microsecondi l'uno ... un po pochino ... per avere la stessa luminosita' apparente di un led alimentato, diciamo, a 10mA con il primo sistema, dovresti alimentarlo a 250mA con il secondo sistema ... non so quanto sia conveniente ...
Quanto invece a livello di software, di sicuro ne sai piu di me in fatto di programmazione, ma ho il sospetto che multiplexare tutte le colonne indipendentemente sia leggermente piu incasinato che limitarsi a spedire stringhe di bit agli shiftregister fra un'accensione e l'altra ...