usa directivas del precompilador
pasale el parametro como un numero por ejemplo y en la librería pones
si el parametro == 1
#define puerto Serial
si parametro == 2
#define puerto Serial1
luego en la programación de la librería en vez de serial pones
puerto.begin(9600);
de esta manera donde pone "puerto" lo sustituye por el puerto serie que quieres utilizar según quieras
un saludo