uhmm, la sceta di usare due compilatori diversi me la aspettavo, ma il fatto di creare due core differenti dell'IDE...
Insomma, i linguaggi ad oggetti nascono apposta per risolvere quetso genere di problematice, ed arduino è scritta in java.
(tra l'altro in teoria cambia solo l'invocazione del compilatore e del programma uploader, anzi magari usa sempre avrdude)
vedremo quando uppano il codice, magari sono solo scelte stilistiche 