io consiglio sempre il java perchè mi piace, gira su tutti i windows/mac/linux ed eventualmente con un minimo di sbatti pure su android.
Sia eclipse che netbeans (i due IDE principali di java) possiedono il sistema per creare interfaccie grafiche drag'n'drop (eclipse via plugin, netbeans di base)
Infine i programmi possono essere "embeddati" in un jar che gira lato client; quindi su arduino puoi fornire una pagina WEB che integra un JAR che fornisce l'applicazione per comandare l'arduino...slegandoti dalla complessità dell'HTTP per fare un buon sistema di comunicazione.
Infine lo stesso IDE di arduino è fatto in java, quindi ti è comodo quando vorrai/dovrai giochicchiarci.