Se non ho capito male durante il caricamento di un programma si è staccato il cavo. Se è così il bootloader non si dovrebbe essere danneggiato in quanto va caricato con modalità differente.
Prova a cambiare porta USB e anche il cavo.
Se invece stai cercando di aggiornare o riscrivere il bootloader dovresti dirci cosa stai usando perché con il solo cavo USB non si può fare.