Testato:
hanno problemi, anche usando correttamente i segnali DTR RTS, e questo e' dovuto alla rxtxserial.
Stai facendo una interpretazione tutta tua della cosa, le cose non stanno come dici tu e non sempre è possibile interdire DTR/RTS, e poi oltre alla questione software scritto dall'utente c'è la questione software fatto da altri pronto all'uso che si deve collegare ad Arduino tramite seriale, p.e. un banale data logger.
Tu stai generalizzando tutto alla mera questione di una dll usata solo dal IDE e/o eventuali applicativi processing/java, il mondo informatico è un tantinello più grande di questa dll 
Comunque sei liberissimo di tenerti le tue idee, io non ho alcuna intenzione di imbarcarmi ulteriormente in discussioni di questo tipo, per giunta già fatte diverse volte, dalle quali non c'è via di uscita senza andare mettere mano direttamente su Arduino, una possibile, e semplice, soluzione l'ho prospettata, funziona con tutto e non serve fare nessuna modifica all'ambiente di lavoro di Arduino.