Grazie per la tempestiva risposta, 
per quanto riguarda l'uscita vga so che posso sincronizzare arduino con quel segnale, è gia stato fatto e sembra con buoni risultati.
Il problema è che non ho quel uscita sul pc quindi volevo fare tutto usb ( anche per una maggiore flessibilita e semplicita a livello di saldature ) .
Per quanto riguarda il sincrono sinistro destro non è un problema, o meglio è risolvibile con una facile scappatoia:
Il video comincia con una sequenza ( credo che faro di 10 sec ) con dei freim alternati con scritto R e L, cosi facendo si puo successsivamente invertire la sequenza di otturazione per regolarne la stereoscopia ( basta un pratico pulsante ).
Cosa non detta al inizio il progetto teoricamente puo gia funzionare cosi, ma per esserne più sicuri e renderlo più semplice possibile per chi volesse provarci sto progettando un programma in c++ ( plughin per vlc) che alterni i fotogrammi R L di un formato Side-by-Side 3D usando ovviamente come master clok il sistema di aggiornametno della scheda video.
Grazie ancora delle tempestive risposte.