Testato:
a livello hardware la yun fa per te, sia perche' ha il wi-fi integrato, sia perche' hai piu' pin a disposizione della UNO (la yun monta il 32u4 non il 328)
Il layout è lo stesso, ma il numero di pin aumenta perché la ISP non usa i pin 11, 12 e 13.
Se invece nel tuo progetto non hai usato i pin ISP, il numero di pin rimane identico. 
Attenzione: la I2C usa il pin 2 e 3 e non A4 e A5 come sulla UNO, quindi se usi l'I2C devi liberare i due pin ma puoi occupare gli altri.
Visto che potresti perdere i pin 2 e 3 se usi l'I2C, per gli interrupt, nel caso ti servissero puoi usare il 7, ma scendi ad un solo interrupt.
Insomma devi un po stravolgere il tuo sketch.
I pin 0 e 1 sono usati per comunicare con con l'AR9331 quindi non si possono usare.
Comunque liberando il pin 2 e 3 e usando l'I2C puoi spostare LED e Buzzer su un expander recuperando molti pin.
Sappi che la YUN come la Leonardo ha un numero maggiore di pin analogici, quindi più sensori di corrente collegabili.