ciel ! bonjour JS, tu t'es perdu sur ce forum dédié aux "microcontrolleurs d'en bas" ? 
je serai ravi de profiter de ton expérience en la matière en tout cas
merci pour ta réponse. en effet, j'avais pensé à désactiver l'interruption le temps de calculer la vitesse. Et à vrai dire, je ne sais plus pourquoi je ne l'ai pas fait.
Quoi qu'il en soit, les soucis d'erreurs de mesure énormes du début étaient liés à un bête soucis de tension d'entrée trop basse, à cause d'un pont diviseur foireux. Là ça fonctionne, j'ai toujours des erreurs de temps en temps, mais minimes (de l'ordre de 50à100tr/min) et qui ne gênent en rien le fonctionnement normal, vu que ce n'est pas l'atmega qui fait la régulation de vitesse.
D'ailleurs je viens tout juste de rentrer de l'installation du premier groupe avec cette version du matériel, et quelques correction du soft sur place (parceque forcément, si on part installer un matériel testé, c'est beaucoup moins drôle 
) avec un nuit blanche à la clef, mais ça fonctionne.
En plus, aller travailler à 1850m d'altitude dans la montagne, c'est la classe 8) dommage que je n'ai pas eu le temps d'aller aux champignons =(
La dernière version (qui marche) de la carte et du soft son disponible ici :
http://sourceforge.net/p/groupe/code/ci/capteur_rota/tarball
Attention toutefois pour la carte, il faut remplacer deux résistances dans les ponts diviseurs des entrées d'interruption par des zeners à 4,6V, je n'ai pas eu le temps de modifier les fichiers kicad.
la carte V3 en place sur le groupe :
un peu de déboggage sur place après une nuit blanche, parceque sinon c'est pas sport :
pas mal la vue depuis la fenetre du bureau quand même !
et finalement la bête à sa place :