Hola tocayo!
Algunas cosas que se me ocurren:
- Cambiar un conector USB de menor formato.
- Cambiar el conector de alimentación a un formato menor tamaño.
- Reducir el tamaño de la placa.
- Cambiar de filosofia a formato estadar de paso de pines.
- Una consola serie más eleborada (poder grabar a fichero, no sólo enviar en ASCII,...)
- Realizar caja/s de plástico para las placas. (aunque esto siempre es complicado).
- Aumentar información en Español.
- Posibilidad cuando programas funciones, esconder el código. Lo típico de expandir/contraer.
- Posibilidad de programar también con diagramas de estados (tipo grafcet, stateflow, ...)
- Utilidad software independiente para grabar directamente en la placa a través de un fichero *.hex.
- Pads paralelos a las tiras de pines para poder soldar directamente a la placa. (Podría aprovecharse ésto para tener paso estandar,a parte que el tipico de Arduino). (Tipo a las de seedstudio)
- Posibilidad de tener un puente, para usar otro regulador distinto al que viene en la placa. Es decir, tipo al puente de reset, para desconectar la salida de 5 voltios del regulador y poder introducirlo mediante una shield por el pin 5voltios.
- Incluir el chip Vinculum de ftdi. Se añadiría el poder tener usb host, tener FAT, almacenamiento de datos,... (Aunque ésto creo que se sale de la filosofía de Arduino, que para eso estan los shields).
Por pedir,que no sea.... 
En general, el problema que le veo, es que empieza a ser más interesante las placas basadas en Arduino, que las originales. En cuestion de tamaño, posibilidad de paso normal, conectores menores, el atmega1280 con todos los pines, ...
Saludos
Igor R.