Posso confessare che non ho ben capito né l'esigenza né i consigli che gli state dando?
Per prima cosa dice "nel caso in cui venga collegato tramite connessione seriale": cosa intende con "venga collegato"? Diciamo che Arduino ha (in qualche modo, lasciamo stare tutte le considerazioni sui reset vari) un connettore seriale: la "connessione" è quindi fisica? Ossia qualcuno a manella collega questa seriale ad Arduino? Ma una cosa del genere può indurre segnali spuri sulla seriale, che quindi risulterebbe "sporca" di caratteracci random...
Poi per "memoria a lungo periodo" cosa intende, la EEPROM interna? O una schedina SD? Questo non influenza il resto del discorso, ma la modalità di gestione si, ad esempio la EEPROM ha una "vita" di un certo numero di scritture, così come la SD, ma soprattutto se arriva l'interrupt (o peggio il reset) mentre sta scrivendo byte sulla EEPROM il rischio è di avere dati ancora più "sporchi").
E questa interruzione non potrebbe avvenire semplicemente con un apposito interrupt (es. un pin che va HIGH) che quindi gestisce in modo "smooth" la cosa, invece di pensare a resettare tutto Arduino?
Insomma, prima di parlare di possibili implementazioni o soluzioni, non conviene prima capire e delineare meglio qual è l'ESIGENZA?
Che deve fare Arduino? I dati che raccoglie ogni quanto li deve aggiornare? E perché attendere una connessione "fisica" di una seriale? Che deve farci la controparte? Ci sono strade diverse dalla seriale?