I 2 PC Ubuntu che ho configurato a lavoro sono 5 anni che girano senza problemi: uno l'ho aggiornato da poco alla 12.10, l'altro gira ancora con la 8.04 LTS.
Su entrambi però ho creato l'account root per cui sudo chiede ora la password di root e non quella utente per cui solo io posso installare/disinstallare i programmi: in questo modo gli utenti normali non possono fare danni. 
Un altro sistema per rendere imperforabile il sistema è quello di montare /usr/bin, la cartella che contiene i programmi di sistema, su una partizione a parte e montarla al boot in sola lettura. E' scomodo perché per installare un programma va prima rimontata in lettura/scrittura e poi, finita l'installazione, rimessa in sola lettura, ma così si evita che qualunque software, senza i giusti permessi, possa alterare i file di sistema. Quindi niente rootkit o cose simili.