He encontrado este software gratuito de rebote,no se si ya se habra comentado,que permite programar el Arduino al estilo PLC ,con diagrama de contactos o Ladder y compilar y pasar dicho programa directamente al Arduino.Es compatible con el UNO,Mega y Nano y esta disponible para Linux y Windows.He hecho una prueba sencilla con una entrada y una salida para accionar un rele y funciona bien ,aunque es muy basico.
edito para comentar que en windows xp la interface no se ve bien y cuando insertas contactos tampoco se ven.En windows 7 ,perfecto.