Mica ho detto che non si può fare, ho detto che tocca saperlo fare e che non tutti i linguaggi di programmazione permettono di farlo nativamente, spesso servono plugin/ocx aggiuntivi che non sempre sono free, anzi spesso costano cari.
Avevo inteso diversamente, cioè che fosse una cosa non modificabile da software, quello che mi dici mi suona nuovo in quanto non conosco java e windows e quindi non so se per java e windows è necessario sborsare denaro per fare quello che ho fatto io con python.
Alla luce di quanto mi hai detto la cosa sarebbe da implementare (linguagio, OS ecc permettendo) in questo modo:
Quando apri il serial monitor apri il device con il baudrate scelto e con DTR = false, e così la board non si resetta.
Quando devi dialogare con il bootloader devi chiudere il device file e riaprirlo con baud supportato dal bootloader e con la procedura DTR = true. Avrdude conosce circa il DTR tanto che quel codice python viene proprio dal codice di avrdude trasformato in python. Tutto questo sia chiaro vale solo per OS Linux Fedora 12, per windows e altro non mi pronuncio perchè ignorante.
Solo per la questione ISP, sicuramente hanno ritoccato i tempi di latenza, devo verificarlo, per quanto riguarda il reset quando apri la Vcom sicuramente c'è ancora.
Quando dici Vcom, ti riferisci genericamente alla virtual com, oppure alla com di windows, no perchè potrebbe essere che su windows il DTR va alto appena apri la porta e non c'è modo di intervenire come faccio con python.
Volendo si può ovviare definitivamente al problema programmatore ISP, senza usare "trucchi hardware e/o bootloader non ufficiali, con un programma su misura per caricare il bootloader, ma volendo anche degli sketch, che invia la corretta riga di comando ad AVRdude bloccando nel contempo DTR.
Purtroppo non c'è modo di intervenire dall'esterno per parametrizare avrdude per bloccare il DTR, e l'unica è quella di sistemare le cose in avrdude o nel bootloader. Oppure togliere il booloader totalmente e flashare il micro con Arduino ISP, sempre che si possa fare (credo di si).
Approfitto per chiedere la riga di comando di avrdude per flashare con Arduino ISP, alcuni esempi con le varianti di argomenti opzionali che la implemento in avrdudequi, così se c'è qualche volontario che si trova su linux può provare se funziona.
E perché dovrei? già lo avevi troncato d un po' togliendo "ti", va a finire che fra poco scrivi solo "@" ed io capisco che "ce l'hai" (nel senso che ti rivolgi...) con me smiley-lol
Non per averlo abbreviato "manni", ma per averlo aglofizato (sempre che questo termine esista), insomma la tua avversione con l'inglese, tutto è in inglese ora pure il mio nick, in questo senso.
Però dai suona bene Hi Manny, policeman are only chat and distinctive 
Ciao.
Ciao.