Allora creati una routine ISR che agganci al watchdog e che incrementa una variabile, stile millis.
Hai una risoluzione di 16 ms ma difficilmente avrai collisioni dato che il watchdog è clockato da un risuonatore a 128 kHz indipendente.
Se ricordi, nella mia libreria pRNG uso proprio le tolleranze di questo risuonatore e le differenze con il clock principale per leggere ad intervalli regolari il registro di un timer e prelevare entropia. In questo modo, anche all'avvio iniziale, ho sempre una differenza seppur minima.