e' da tenere in considerazione, sotto windows, RXTXSerial.dll, perche' essa gestisce la seriale, e per suoi problemi arduino si resetta anche nel momento in cui si seleziona semplicemente la COM.
Con la versione patchata questo non accade.
Altra variabile da tener presente e' che da una certa versione di ide in poi viene usato sia DTR che RTS, quindi si devono bloccare entrambi, la modifica venne fatta perche' molti adattatori portano fuori il RTS ma non il DTR, e dalla versione 18, se non sbaglio, si fece questa modifica