Sind die Löcher nicht sogar genau genommen 3,2mm? Ich befestige den Uno oder Mega auf einem ProtoBoard immer mit 3mm Zylinderkopfschrauben (Inbus). Kannst in Gartencenter oder ähnliches finden. Entweder die verzinnten, oder aber direkt die Edelstahlschrauben. Diese kosten dann aber etwas mehr.
Zwischen Arduino und den Shields könnte ich die Schrauben auch setzten, aber nur mit den Schrauben auf dem Mainboard ist der Arduino bereits bombenfest. Für die Befestigung mit der Grundplatte kannste einfach mit 2,4-2,6mm Bohrer bohren. Danach M3 Gewindeschneider. Alles für wenig Geld im Baumarkt/Gartencenter zu bekommen.