Ciao,
come la metti tu è un poco complicata, ma potresti via ftp / scp copiare l'hex dello sketch per la mega nella yun, e poi caricarlo dalla yun usando avrdude!
Questo è valido per tutti i device su cui gira openwrt (e linux in genere!),
Guarda qui per qualche info in più:
http://playground.arduino.cc/Italiano/Avrdude-openwrt