Hola a todos!
Me uno al "club de fans" de este proyecto realmente interesante; espero aprender mucho ...
Precisamente estas últimas semanas, que he estado de vacaciones, he estado retomando mi hobby de la electrónica y he empezado a hacer algunas cosillas con motores paso a paso (usando un TB6560 que me llego la semana pasada y un motor bipolar pequeñito) aunque para un proyecto mucho, mucho, más modesto que la parienta me encargo hace ya un par de años! 
Unas preguntas/comentarios de novato:
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¿habéis probado los drivers poniendole carga al motor? En un motor paso a paso a bajas revoluciones esto no debería afectar en absoluto, pero en un motor acelerado podría afectarle a la hora de parar y perder la posición ...
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¿habéis probado los motores a "alta" velocidad? Cuando el motor está rotando, la tensión a la que trabaja crece (debido al EMF) y la disipación en el driver podría crecer. No creo que esto sea un problema para una máquina CNC, pero bueno, asumo que el driver intenta ser genérico ...
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otro detalle, ¿tiene el 8811 algún modo de controlar la corriente máxima además de a través de la resistencia de sensado? Lo digo porque no necesitas el mismo par para mover el motor que para mantenerlo en una posición fija. El enable asumo que lo que hace es deshabilitar el puente de salida, haciendo que el motor se descargue por los diodos y pierdan todo su par.
En la misma linea, y para futuras revisiones del PCB, quizás fuese interesante dejar espacio para al menos dos resistencias de sensado en paralelo, flexibilizando la configuración de la corriente máxima que necesite tu motor. No siempre vas a necesitar 2A en todos tus proyectos