http://arduino.cc/es/Guide/ArduinoProMini
Según lo que he estado mirando por ahí, para programarlo tienes que mandarle primero un reset. Creo que con el primero que has puesto el reset lo tienes que hacer tu manual, dejándolo pulsado y una vez sale un mensaje, soltando el botón.
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=157482.0
El segundo creo que te lo hace solo, pero tienes que sacar el un pin de donde pone CTS para que haga el reset, o hacerlo manual. La otra diferencia es que vale el triple, pero quizá te de menos quebraderos de cabeza.
A ver si algún gurú se prununcia.