Parece que ahora se ha despertado bien, y solo requería de un reinicio general, de hecho han pasado dias desde que no lo uso en esta máquina.
Seguiré atengo y les comento.
Ahora los menúes grises no aparecen.
Lo malo es que no se que hice que resolvió el problema porque he hecho tantos cambios que no se si podría ayudar a alguien con los pasos realizados.
Básicamente borré la instalación
en c:\archivos de programa\Sublime Text
y en C:\USUARIO\AppData\Roaming\Sublime Text