Hallo,
laut dem Schaltplan von J3RE hängen dennoch immer 3 LED in Reihe zum gemeinsamen Vorwiderstand. Bedeutet sie leuchten nicht alle gleich hell je nachdem ob eine, zwei oder alle 3 leuchten. Und rein rechnerisch reichen dafür 5V nicht aus. Mit Minimum 1,8V pro LED gerechnet sind mindestens 5,4V notwendig an Flussspannung. Wenn von Grund auf jede LED gleich hell leuchten soll muß jede LED ihren eigenen Vorwiderstand bekommen. Laut meiner Logik kann man dann keine Matrix anwenden.
Das einzigste was mir einfällt ist zum probieren, den Vorwiderstand so wählen das eine LED nicht durchbrennt und wenn dann 2 oder 3 leuchten sollen, paßt Du die PWM per Software an, sodass sie wieder gleich hell leuchten. Also einen festen Offset für 2 und 3 LED einprogrammieren.