Guarda che "Atmega644 @ 16 MHz w/Arduino as ISP" non è la stessa cosa di quello che ti ho detto io, "Atmega644 @ 16 MHz w/bootloader".
Nel primo caso non viene riservato spazio al bootloader per cui riflashando il micro il bootloader potrebbe venir sovrascritto.
La voce che ti ho invece consigliato riserva 1 kB di Flash per il bootloader, quindi questo resta protetto anche nelle successive scritture