Credo dipenda dal fatto che il ramo 1.5.x è sotto pesante sviluppo e le specifiche cambiano anche radicalmente da rilascio a rilascio.
Ti quoto questo, preso dal changelog dell'IDE 1.5:
ARDUINO 1.5.5 BETA 2013.11.28
NOTICE:
The 1.5 library format is under heavy review on the Arduino Developers mailing list.
We suggest to delay the adoption of the new format until a stable 1.5.x is released.
Il formato delle librerie, a partire dalla 1.5.5 è oggetto di cambiamento (la R2 è solo un rilascio per correggere un problema con i driver certificati per Windows).