Il limite è un problema del vecchio IDE/Compilatore che già pensavo risolto (hai l'ultima versione dell'IDE) ?
Comunque ... scaricati la nuova 1.5.7-Beta che usa il nuovo compilatore e non dovresti avere problemi a sfruttare tutta la Flash della Mega ... 
Prima di imbarcarti in una avventura con la DUE ... sei conscio che :
1. Arduino DUE è molto poco supportato e pochissime librerie di terze parti sono state convertite per funzionarci.
2. Molti pochi shield sono fatti per funzionare su Arduino DUE.
3. La scheda funziona esclusivamente a 3.3V e molti dei suoi pin sono in grado di dare un decimo della corrente (max 3 mA) dei pin degli altri Arduino (max 40 mA). I rimanenti comunque non danno più di 15 mA.
4. E' sicuramente un processore molto più complesso da utilizzare. Basta guardare le oltre 1400 pagine di cui è composto il datasheet
5. Difficilmente vedrà ulteriori sviluppi dato che ... ora c'è da dedicarsi alle nuove schede.
Insomma ... salvo tu non abbia esigenze veramente particolari e l'esperienza per utilizzare tale scheda ... lascia stare !
Guglielmo