Ora riuscendo a pacthare il tutto e ad installare tutto correttamente nei posti giusti rimane sempre il problema dell'ide, cioè come fare in modo che l'ide usi avr-g++ installato in /usr/local/bin anziche quello presente in /usr/bin. Si potrebbe risolvere rimuovendo i pacchetti avr-gcc installati in /usr e inserire i file manualmente, presi dalla directory di cui parla Leo, ma questo lavoro bisogna farlo manualmente.
perchè non provi a sostituire con un hardlink che punta a quelli appena compilati?