De lo que comentas ,lo unico que no has cambiado es la propia shield cnc ,por lo que el problema podria ser las pistas o conexiones del driver x .Quiza podrias probar cambiar el mapeo de pines de grbl para usar el zocalo de clonacion de eje como zocalo x.Tendrias que averiguar a que pines estan conectados el step y dir de dicho zocalo y cambiarlos por los que hay en el x en el fichero grbl/cpu_map/cpu_map_atmega328p.h.Hazte una copia de seguridad de todo lo que cambies para poder volver al punto de partida si no funciona.