Ah, ok.
Effettivamente è vero, i valori impostati per i fuse vengono ignorati durante l'upload di un normale sketch, quindi i fuse vanno programmati con avrdude esternamente.
@Michele:
(ri)confermo: tutti i micro Atmel escono di fabbrica preimpostati con l'oscillatore interno ad 8 Mhz ed il divisore x8 per cui vanno tutti ad 1 MHz.