Prima di poter programmare il micro devi inserirgli il bootloader, non l'ho mai fatto con quel micro ma è sicuramente così
Devi prendere arduino, caricarci lo schetck d'esempio Arduino ISP, collegare tramite interfaccia SPI (MISO,MOSI,SCK e il pin 10 al reset del micro target), poi vai su board, selezioni quella del mega644 e poi fai burn bootloader, così dovrebbe andare, se la procedura va a buon fine puoi passare a programmarlo via seriale
