Bueno he solucionado los problemas del plugin con la versión del IDE 1.6.4, he creado un nuevo fork con estas mejoras, pueden descargarlo desde: GitHub - gepd/Stino: A Sublime Text Plugin for Arduino
Las instrucciones de instalación están en el mismo repositorio o en: Sublime Text 3 problemas y soluciones - #52 by gepd - Humor y Debate - Arduino Forum