A ver si comprendo.
Tu tienes un código que funciona bien cuando estas conectado via USB. Si ya lo cargaste, desconecta el USB y usa la fuente externa porque el sketch ya esta cargado, y en esas condiciones funciona o no?
Otra cosa es que teniendo ambos conectados te permita cargar el sketch, ya entendí que eso no pasa.
Responde mi comentario, por favor.