comunque e' il ds3231
Ok è già termo compensato quindi hai già un sorgente di clock abbastanza precisa e stabile nel tempo.
C'è un errore nel calcolo che ho fatto, cioè quanto TCNTn vale 3 hai accumulato 90,711175617us x 2, quindi OCRnA deve essere impostato a 12, quando anche TCNTn vale 12 avviene il salto alla ISR TIMERn_COMPA (o come si chiama per il 328). Nella ISR dovrai azzerare TCNTn e incrementare di una unità il contatore di millesimi di secondo.
Variante che aumenta raddoppia la velocità con cui conta il timer: Nella ISR inverti lo stato del bit 0 (CS10) del registro TCCRnB, così il contatore viene incrementato su rising che falling edge.
PS:mmmh c'è errore o no? Verifica sempre non fidarti.
C'è un'altra possibilità che senza avere verificato credo sia più ingarbugliata e quindi l'ho scartata. Il timer1 ha la funzione ICP (Input Capture Unit) grazie alla quale si può tarare l'oscillatore RC interno.
Ciao.