non solo, la nuova versione di arduino (non so se la 1.0.5 o la prossima 1.5.x) possiede la linea di comando, quindi sarà possibile compilare e uppare i progetti con 2 semplicissimi comandi, senza bisogno della gui. (edit: certo serve java e compilatori etc.. ma si trovva tutto per arm)
Il che vorrà dire che sarà semplicissimo creare programmi "ponte", oltre che l'integrazione con IDE esterni.
Per quanto riguarda la scheda parliamo, come dice astro, di potenze di calcolo e "componenti esterni" completamente differenti:
la rasp ha possibilità di fare la grafica HD, anche se è molto chiuso il fornitore dei chip da questo punto di vista.
la yun invece ha in pratica un arduino e wifi integrato,ma scordati elaborazioni grafiche stile OpenCV e simili.
insomma, è un confronto che non sta in piedi, tutto dipende da cosa hai bisogno; è come se mettere a confronto un portatile e uno smart-phone.
edit: non conosco bene temboo ma esiste già qualcosa di simile (https://www.sparkfun.com/products/11395). La cosa brutta è che sei COMPLETAMENTE dipendente dai loro server, per programmare etc; in pratica queste schede wifi sono "bloccate" per passare per forza dai loro server. No internet? No niente! dal'atro canto costano un niente rispetto ad altre schede wifi.
vedremo se queste board avranno questa limitazione o sarà possibile usare le schede in locale.