Ascolta, indipendentemente dall'uso timer, i pin PWM devono funzionare come PWM.Secondo il sito i pin PWM sulla MEGA sono:
PWM: 2 to 13 and 44 to 46. Provide 8-bit PWM output with the analogWrite() function
Quindi crea uno sketch come ti pare, un semplice for o quello che è, e provali tutti. Se con un banale analogWrite ti funzionano tutti, i pin sono a posto ed i timer sono utilizzabili. Se qualcuno non va, potresti avere la scheda danneggiata.