il discorso e' diverso secondo me, se stai facendo un progetto tuo personale, che farai in una, due, anche tre copie, il costo della singola Mega e' basso perche' se vuoi comprare tutti i componenti sciolti, piu' spese postali, piu' tempo per fare il pcb, sempre che ti venga bene, piu' tempo per il montaggio (sei capace di saldare il micro della mega ?) benedici mille volte la mega gia' pronta.
dall'altro lato invece, se stai facendo un progetto che andra' in produzione allora il pcb e se vuoi anche il montaggio, lo farai fare a ditta esterna, e quindi non ci sono problemi per fare la mega.
Poi se vuoi puoi voler fare una mega standalone per lo sfizio di farla, ed allora provaci, non e' impossibile, e' solo difficile e ti costera' piu' della mega stessa, perche' per saldare quella roba ad esempio e' necessario un solder mask, se mandi in stampa a service professionali poche copie di pcb per avere il solder mask ed altro, ti costa piu' della mega