El fichero que llamas config ¿no lo cargas desde el sketch con una orden include?
No sabia que habia que cargar ficheros de forma separada, de hecho nunca lo he hecho.
Yo cuando subo el sketch al arduino le incluyo una clausula "include" que se encarga de coger lo que tenga ese fichero, digamos una configuracion o lo que sea...
¿Es eso lo que preguntas?