Salut,
du fait que les timers ont trois comparateurs sur le mega, et deux seulement sur le uno, le mega a des registres en plus, et les bits ne sont pas au même endroit. mais le datasheet de atmel est vraiment très bien fait je trouve, et si tu connais déjà la bidouille de registres, alors tu t'en sortiras très bien!
Les arduinos sont assez polyvalents, donc l'utilisation des registres est longuement documentée (et c'est très bien)!