Librerie e Timer1

zoomx:
Sembra proprio che se i caratteri vengono mandati uno alla volta, digitandoli da tastiera, non funzioni anche se i caratteri arrivano all'Arduino come posso vedere dal LED. Inoltre ho l'eco locale per cui vedo che il return c'è, in Hyperterminal infatti ritorna all'inizio della riga perché non c'è il LineFeed.

Funziona solo se metto la stringa in una casella e questa viene sparata tutta in una volta, sia nell'IDE sia nel programma terminale che uso.

Ma è normale che faccia così.
Il codice che hai pubblicato contiene ad un certo punto un blocco di codice controllato da un while:

while (inByte != terminatingChar && Serial.available() > 0)

Questo dice: cicla mentre inByte è diverso da "invio" E c'è qualcosa nel buffer seriale.
Se il tuo terminale spedisce il carattere non appena è premuto, l'Arduino lo riceve ed il buffer seriale contiene 1 carattere. Questo viene prelevato da quel ciclo while e perciò svuotato. Essendo vuoto, il programma esce dal ciclo while e va ad analizzare i dati che ha ricevuto.
Se invece spedisci tutto insieme, ovviamente funziona.