Wenn die Massen verbunden sind und damit keine galvanische Trennung da ist, kannst das natürlich einfach machen.
Ob man eine galvanische Trennung aufheben kann in dem man die Massen einfach verbindet und das dann alles noch läuft weiß ich nicht. Die Frage ist ob der DC-DC-Wandler dann noch richtig läuft. Er muss nicht kaputt gehen, aber ich wäre erst mal vorsichtig damit.
Andere Sache: wenn das ein einzelner Kontakt ist, ist es nicht möglich daran einfach zwei Kabel vom Arduino hinlegen? Mit der Masse vor dem Wandler hat das dann doch nichts mehr zu tun. Vielleicht denkst du da einfach zu kompliziert. Oder ist der Kontakt direkt auf einer Platine verlötet? Selbst dann kann man eventuell die Leiterbahn unterbrechen.
Wenn es galvanisch getrennt ist, kannst du auch einfach einen Optokoppler dazwischen schalten. So ähnlich
Den Vorwiderstand der LED mit 12V berechnen und mit dem Ausgangstransitor in Emitterschaltung kannst du dann ein 5V Signal erzeugen, das invertiert zu dem Schließer ist. Die Dinger gibts für 30-40 Cent.